الدولة في فكر الغنّوشي لا هويّة دينيّة لها، كما أنّ جهازها الإداري محايد، يلتقي مع طروحات فصل الدين عن الدولة، وإبعاد الدولة عن التوظيف الديني، إلّا أنّ هذا الطرح تغيّر عنده بعد الثورة في تونس وعودته إليها التي فضّلها على الركون للمستبدّ مهما كان ظلمه. كما دعا إلى توسيع دائرة الأمّة لتشمل المسلم في كلّ أقطار العالم، فجنسيّة المسلم هي هويّته الإسلاميّة بعيدًا عن التحديدات الجغرافيّة.