عمل الصدر على صياغات منهجيّة متنوّعة ومتعدّدة بتعدد طبيعة الموضوعات وحقولها المعرفيّة. فمن أهمّ أدواته المنهجيّة؛ المنهج العقلي الأرسطي في المنطق بقياساته وأدلّته، وسلكه الصدر في كتابه فلسفتنا، وارتكز على نظرية المعرفة كمنهج محكم وقاعدة لإثبات أي بناء علمي وفكري فلسفي وعقائدي؛ والمنهج الاستقرائي العلمي الذي أسماه بالمنهج الذاتي لنظريّة المعرفة واعتبره اتجاهًا جديدًا. وحاول حلّ الإشكاليّة المنطقيّة في عمليّة الاستقراء، والتي تكمن في كيفية القفز والانتقال من الخاصّ إلى العامّ.