لأسلمة العلوم الإنسانيّة طرقٌ اختارها الشيخ المصباح؛ الأوّل تنقيح وإعادة دراسة المباني الأساسيّة التي تستند عليها هذه العلوم، والثاني الإفادة من الوحي في مجال العلوم التي يمكن ديننتها، أمّا الثالث فهو العمل بالنظام القيمي الإسلامي ليصبح لدينا أسلمة للعلوم شيئًا فشيئًا كعلم الاقتصاد مثلًا.
كما طرح الشيخ مراحل لهذه الأسلمة تبدأ من مرحلة التتنظير العامّ والكلّي لوضع خطّة عمليّة، وتهيئة الفضاء الثقافي والعلمي المساعد على المشروع، والعمل على إنتاج الكوادر الجامعيين والحوزويّين، وصولًا إلى تبنّي الدولة للمشروع وإقرار الموازنات له لتتمكّن العلوم من الأسلمة.